De ahí que los programas de Fernando Galván y Manuel Peinado contengan elementos comunes. Pero también hay claras diferencias:

Profesorado
Entre otras medidas, Fernando Galván apuesta por garantizar un modelo de promoción basado en la excelencia y en el cumplimiento de objetivos y plazos razonables, que permita a los Ayudantes, Profesores Ayudantes Doctores y Profesores Titulares interinos superar las dificultades actuales para su promoción a figuras tanto de contratación laboral (Profesores Contratados Doctores) como de funcionarios docentes (Profesores Titulares de Universidad). Por su parte, Manuel Peinado se compromete a dotar de plazas a los profesores que han recibido el reconocimiento y la acreditación de su trayectoria académica docente e investigadora. El objetivo del ex alcalde es reformar de forma inmediata el sistema de promoción a Profesores Titulares y Catedráticos utilizando, especialmente en el caso de Catedráticos, un nuevo modelo basado en indicadores de excelencia y mérito y no sólo en los ratios de plazas actualmente aplicados.

Estudiantes
En su programa, Galván propone apoyar todas las iniciativas de las delegaciones y del Consejo de Estudiantes conducentes a dinamizar la vida universitaria mediante sesiones de debate, participación en los órganos de representación y gestión, y cualesquiera otras que fomenten la formación en valores y el desarrollo intelectual, cultural y personal de la comunidad estudiantil.  Peinado también aboga por caminar por esta senda de colaboración. Además, quiere regular la actividad de representación de los estudiantes para evitar que su rendimiento académico se vea afectado. Entre otras medidas, Peinado se compromete a evitar los procesos electorales durante los periodos de exámenes para facilitar la participación estudiantil.

PAS
Manuel Peinado lo ha dicho varias veces durante su campaña electoral para el Rectorado de la Cisneriana: elegirá al nuevo gerente de la Universidad de Alcalá de entre los cuadros del Personal de Administración y Servicios (PAS). También incluye entre sus propuestas una reforma y reestructuración a fondo de la organización del PAS, para adaptarla a las nuevas exigencias que impone el Espacio Europeo de Educación Superior (Plan Bolonia). Por su parte, Fernando Galván quiere impulsar los planes de formación y actualización de los integrantes del PAS, con especial atención al empleo de las nuevas tecnologías y la adquisición del inglés, para facilitar su trabajo en las relaciones internacionales, que Galván quiere potenciar en su mandato.