Alcalá es, en cierto modo, una gran necrópolis. El paso de los pueblos prehistóricos y las culturas del mundo antiguo a este lado del Henares han dejado vestigios de sus enterramientos junto a los caminos o en parajes apartados. Fue durante la Edad Media cuando los enterramientos se sistematizaron en cierto modo y también se diversificaron en función de los diferentes credos religiosos. De la comunidad judía, por ejemplo, se encontró en los años 70 una necrópolis en la zona de parque San Isidro. De la comunidad musulmana, cuyo barrio se localizaba en lo que hoy es el Monasterio de las Bernardas y sus alrededores, sólo se han hallado algunos enterramientos aislados. Los cristianos, por su parte, comenzaron a enterrar a sus difuntos en los templos.

La iglesia de San Justo, el primer templo cristiano de Alcalá y origen de la actual Catedral Magistral, fue el primero en acoger sepulturas de vecinos. Al fin y al cabo, su emplazamiento estaba señalado por el enterramiento más importante, el de los Santos Niños, que aún hoy cuenta con una cripta y la piedra donde sufrieron el martirio. También se pueden ver lápidas muy gastadas por el paso del tiempo en la girola, así como la del cardenal Cisneros frente al altar y la del arzobispo Carrillo en el arranque del pasillo de la nave central. Con el paso de los siglos se fueron añadiendo muchas más lápidas, pues el templo se transformó en un auténtico cementerio. En las desaparecidas iglesia de Santa María, a partir del siglo XIII, y de Santiago, a partir del XV, también recibieron sepulturas muchas generaciones de alcalaínos, así como en los conventos. La posición social del finado determinaba el lugar de la sepultura: cuanto más acaudalados y poderosos, más cerca del altar y más ostentosa la lápida o el sepulcro.  En la segunda mitad del siglo XVIII, reinando Carlos III, se ordenó, por cuestión de salubridad e higiene elemental, la construcción de cementerios fuera de iglesias y lejos de los pueblos y ciudades.

La orden se cumplió con demora en Alcalá, que inauguró su primer cementerio civil en 1820 cerca del actual centro cultural Gilitos. El descubrimiento de una corriente de agua en el subsuelo obligó a buscar una nueva ubicación al camposanto, que fue trasladado en 1834 a los alrededores de la ermita de San Roque. En 1891 se acometió una gran ampliación, hasta alcanzar el tamaño que presenta el cementerio municipal en la actualidad.